中国科学院新疆理化技术研究所于2002年3月28日在原中国科学院新疆物理所和化学所（均成立于1961年）的基础上整合成立。同年5月10日，进入中国科学院第二批知识创新工程试点单位。现有资源化学、材料物理与化学、多语种信息技术、环境科学与技术、固体辐射物理 5 个研究室。拥有 1 个中国科学院海外研发机构 （中国科学院中亚药物研发中心）、1 个科技部国家联合实验室 （中国一乌兹别克斯坦新药“一带一路”联合实验室）、2 个中国科学院重点实验室 （中国科学院干旱区植物资源化学重点实验室和中国科学院特殊环境功能材料与器件重点实验室）、1 个省部共建国家重点实验室培育基地（新疆特有药用资源利用省部共建重点实验室）、3 个自治区级重点实验室 （新疆电子信息材料与器件重点实验室、民族语音语言信息处理实验室和新疆爆炸物安全科学重点实验室）、1 个省部共建国家发改委工程中心 （民族药关键技术与工艺工程研究中心）、3 个自治区级工程中心 （新疆热敏材料及器件工程技术研究中心、新疆危爆品防控工程技术研究中心和新疆温度传感器技术与应用工程研究中心）、1 个新疆信息技术应用创新适配中心。大型仪器分析测试中心、辐照中心、信息情报中心3 个技术支撑平台。