克孜勒苏柯尔克孜自治州位于新疆维吾尔自治区西南部，地跨天山山脉西南部、帕米尔高原东部、昆仑山北坡和塔里木盆地西北缘。自治州北部和西部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦两国接壤，边境线长达1133.7千米，254个通外山口，是名副其实的“边防大州”，肩负着守护祖国“西大门”及强边稳边富边的神圣职责和光荣使命。素有“万山之州”之称和“巴仁杏之乡”“猎鹰之乡”的美誉。东部与阿克苏地区相连；南部与喀什地区毗邻。全州东西长约500千米、南北宽约140千米，地域面积7.25万平方公里，其中山地占90%。

“克孜勒苏”，柯尔克孜语意为“红水”。境内有克孜勒苏河穿境而过，故在自治州成立时，决定以克孜勒苏作为自治州的名字。