农业农村部环境保护科研监测所成立于1979年，是我国从事农业农村环境保护科学研究和监测的专业机构，1997年划归中国农业科学院，2002年获批为非营利性科研机构。研究所坚持“创新、求是、协和、笃行”的发展理念，坚持“四个面向”，建设“两个一流”，始终以国家需求为导向开展农业农村环境保护科技支撑。

近年来，研究所面向粮食安全、乡村振兴、绿色发展等国家重大需求，聚焦产地环境和乡村环境，在农产品产地环境监测预警与评估、农田污染物防控与治理、乡村环境整治提升和农业面源污染防治及生态循环等四大领域开展理论研究、技术创新、集成与示范等基础前沿与应用研究，为我国农业绿色发展和乡村振兴战略实施提供科技支撑。努力把研究所建设成为国际一流、国内领先的农业农村环境保护和监测科技创新中心、技术交流与转化中心和高层次人才培养中心，为我国农业农村高质量发展提供科技和人才支撑。

建所以来，先后承担了国家“863”“973”、国家科技攻关、国家科技支撑计划项目、国家重点研发专项、国家自然科学基金、农业农村部公益性行业科研专项、省部级科技发展计划项目及自然科学基金等790余项，其中，“十三五”以来主持农业面源及农田土壤重金属污染防治领域国家重点研发计划项目14项。获科技成果1300余项，其中，获国家和省部级奖励130余项，获国家授权专利500余项。在国内外学术刊物发表论文3200余篇，主编或副主编出版著作160余部。科技成果转化覆盖全国30省（自治区、直辖市）200余市县。起草智库报告或政策建议10余项，被中央、部委有关部门采用。